1991年阿塞拜疆独立，1992年颁布了非政府组织法，2000年，一个对非政府组织更友好的法律代替了原来的法律，在这种情况下，民间社会发展迅速。目前，全国有2600多登记在册的非政府组织，另有大约1000个未登记的非政府组织，非政府组织所从事的领域包括人权、教育、文化、健康、社会保护、环境保护等。

2007年，阿塞拜疆政府成立了非政府组织支持委员会，旨在为阿塞拜疆的非政府组织提供财政和信息支持，促进非政府组织与政府的合作。基于透明、竞争的机制，非政府组织支持委员会向500多非政府组织提供财政支持。非政府组织支持委员会还发起立法，改善NGO的法规环境，并吸纳非政府组织参与法律起草过程。

尽管如此，在非政府组织的登记上，阿塞拜疆仍受到指责。欧洲人权法院指责阿塞拜疆拒绝给非政府组织登记，认为此举违反了自由结社。此外，阿塞拜疆的非政府组织在遵守财政报告的要求方面表现欠佳。2012年10月16日，阿塞拜疆议员递交和平集会自由法案修正案，修正案提高了未经政府批准的抗议活动的参加者和组织者的罚金，对非政府组织的罚金可高达38000美元。

近来，阿塞拜疆总统阿利耶夫签署一系列法律修正案，这些修正案被认为不利于阿塞拜疆非政府组织的生存和发展，22个阿塞拜疆的非政府组织联名上书阿塞拜疆总统表达他们的担忧。